Na FRI predavam in raziskujem predvsem na področjih odkrivanja znanj iz podatkov (data mining) in podpore odločanju. V raziskovalnih projektih te tehnike v naši skupini uporabljamo predvsem na področjih bioinformatike, medicine in poslovne inteligence, kjer sodelujemo z domačimi centri in centri v tujini (Houston, Pavia, Barcelona). Tako sodelujem tudi z genetiki na Baylor College of Medicine, instituciji v Houstonu, kjer imam tudi habilitacijo gostujočega profesorja. Sem soavtor programskega sistema Orange (Data Mining Fruitful & Fun), morda največjega slovenskega odprtokodnega projekta, ki je namenjen odkrivanju znanj in vizualizaciji podatkov. Med biologi pa je znan predvsem spletni program GenePath, ki smo ga pred leti razvili na FRI in zna iz eksperimentalnih podatkov odkrivati genetske mreže. Pred kratkim smo razvili tudi dictyExpress, interaktivno Flash aplikacijo za pregledovanje izraznih profilov genov socialne amebe Dictyostelium discoideum.
Aktivnosti in dogodki
V letu 2010 sodelujem v programskem odboru konference IV10, leta 2009 pa sem sodeloval v odborih AIME, IDAMAP, EvoBIO, OSDM, CBMS in MLSB. Sem sourednik revij IEEE Transactions on Information Technology in Biomedicine, Current Bioinformatics, Open Bioinformatics Journal in Informatica Medica Slovenica.
Izobrazba
Končal sem Srednjo naravoslovno šolo v Ljubljani (Bežigrajska), potem diplomiral na Fakulteti za elektrotehniko v Ljubljani, smer Biokibernetika v medicini. Za magisterij sem se podal na Univerzo v Houstonu, Oddelek za računalništvo, ter doktoriral spet v Ljubljani, na Fakulteti za računalništvo in informatiko.
Projekti
Tekoči projekti
- Kvalitativno modeliranje na osnovi podatkov, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-2194 (B), 2009−2012
- Metode za povezovanje podatkov in znanja v sistemski biologiji mrež, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-2197, 2009−2012
- Umetna inteligenca in inteligentni sistemi, Programska skupina, P2-0209, 2009−2014
- Računski pristopi in orodja za funkcijsko genomiko in kemogenomiko amebe Dictyostelium, Bilateralni projekt, BI-ZDA/08-10-73, 2008−2010
- Tehnologije znanj za odkrivanje novih zdravilnih učinkovin: analiza in načrtovanje eksperimentov v visoko zmogljivostni genetiki, Temeljni oz. aplikativni projekt, L2-1112, 2008−2010
Zaključeni projekti
- Računska fenomika, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-9699, 2007−2009
- Odkrivanje znanj in vizualizacija tekstovnih podatkov, Bilateralni projekt, PROTEUS 07-08, 2007−2008
- Preventivni učinki antioksidantov na razvoj hiperlipidemije in ateroskleroze pri živalskem modelu genetsko pogojene debelosti, Slovenski ciljno-razvojni projekt, V3-0365, 2006−2008
- Tehnologije znanja in podpore odločanja v zdravstvenih informacijskih portalih, Slovenski ciljno-razvojni projekt, V2-0221, 2006−2008
- X-MEDIA: Large Scale Knowledge Sharing and Reuse Across Media, Evropski projekt iz okvirnega programa Evropske komisije, FP6-26978, 2006−2010
- Metode umetne inteligence za odkrivanje znanj v funkcijski genomiki, Bilateralni projekt, BI-IT/05-08-011, 2006−2009
- Metode umetne inteligence za odkrivanje znanj v funkcijski genomiki, Bilateralni projekt, BI-IT/05-08-011, 2006−2009
- STEROLTALK: Functional genomics of complex regulatory networks from yeast to human: cross talk of sterol homeostasis and drug metabolism, Evropski projekt iz okvirnega programa Evropske komisije, LSHG-CT-2005-512096, 2005−2008
- Metode umetne inteligence za odkrivanje znanj v funkcijski genomiki, Bilateralni projekt, 2005−2006
- Umetna inteligenca in inteligenti sistemi, Programska skupina, P2-0209, 2004−2008
- ASPIC: Argumentation Service Platform with Integrated Components, Evropski projekt iz okvirnega programa Evropske komisije, IST-002307, 2004−2007
- Metode umetne inteligence za odkrivanje znanj v funkcijski genomiki, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-3387 (C), 2001−2004
Izbrane objave
- Toplak M, Curk T, Demsar J, Zupan B (2010) Does replication groups scoring reduce false positive rate in SNP interaction discovery?. BMC Genomics, 11: 58.
- Benabentos R, Hirose S, Sucgang R, Curk T, Katoh M, A. EO, E. JS, C. DQ, Zupan B, Shaulsky G, Kuspa A (2009) Polymorphic members of the lag gene family mediate kin discrimination in Dictyostelium. Current Biology, 19 (7): 567-572.
- Franco-Duarte R, Umek L, Zupan B, Schuller D (2009) Computational approaches for the genetic and phenotypic characterization of a Saccharomyces cerevisiae wine yeast collection. Yeast, 26 (12): 675-692.
- Rot G, Parikh A, Curk T, Kuspa A, Shaulsky G, Zupan B (2009) dictyExpress: a Dictyostelium discoideum gene expression database with an explorative data analysis web-based interface. BMC Bioinformatics, 10: 265.
- Curk T, Petrovic U, Shaulsky G, Zupan B (2009) Rule-based clustering for gene promoter structure discovery. Methods of Information in Medicine, 48 (3): 229-235.
- Zupan B, Demsar J (2008) Open-source tools for data mining. Clinics in Laboratory Medicine, 28 (1): 37-54.
- Mramor M, Leban G, Demsar J, Zupan B (2007) Visualization-based cancer microarray data classification analysis. Bioinformatics, 23 (16): 2147-2154.
- Leban G, Zupan B, Vidmar G, Bratko I (2006) VizRank: Data Visualization Guided by Machine Learning. Data Mining and Knowledge Discovery, 13 (2): 119-136.
- Juvan P, Demsar J, Shaulsky G, Zupan B (2005) GenePath: from mutations to genetic networks and back. Nucleic Acids Res, 33 (Web Server Issue). W749-W752.
- Van Driessche N, Demsar J, Booth EO, Hill P, Juvan P, Zupan B, Kuspa A, Shaulsky G (2005) Epistasis analysis with global transcriptional phenotypes. Nature Genetics, 37 (5): 471-477.
- Jakulin A, Mozina M, Demsar J, Bratko I, Zupan B (2005) Nomograms for Visualizing Support Vector Machines. In: SIGKDD'05 Chicago, August 2005, Illinois, USA.
- Leban G, Bratko I, Petrovic U, Curk T, Zupan B (2004) VizRank: Finding Informative Data Projections in Functional Genomics by Machine Learning. Bioinformatics, 21 (3): 413-414.
- Mozina M, Demsar J, Kattan MW, Zupan B (2004) Nomograms for Visualization of Naive Bayesian Classifier. In: European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD), September 20-24, 2004, Pisa.
- Jakulin A, Bratko I, Smrke D, Demsar J, Zupan B (2003) Attribute Interactions in Medical Data Analysis. In: 9th Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe (AIME 2003), October 18-22, 2003, Protaras, Cyprus.
- Zupan B, Demsar J, Bratko I, Juvan P, Halter J, Kuspa A, Shaulsky G (2003) GenePath: a System for Automated Construction of Genetic Networks from Mutant Data. Bioinformatics, 19 (3): 383.
- Zupan B, Demsar J, Kattan MW, Beck JR, Bratko I (2000) Machine learning for survival analysis: a case study on recurrence of prostate cancer. Artificial Intelligence in Medicine, 20 (1): 59-75.
Podiplomski študenti
Sem mentor mladim raziskovalcem Minci Mramor, Lanu Umeku in Lanu Žagarju, ter mentor Marku Toplaku in Gregorju Rotu, ki sta v laboratoriju zaposlena kot raziskovalna asistenta.
