Fakulteta bo začela v šolskem letu 2009/2010 izvajati štiri prvostopenjske programe:
- univerzitetni program Računalništvo in informatika
- visokošolski program Računalništvo in informatika
- interdisciplinarni program Računalništvo in matematika (s Fakulteto za matematiko in fiziko)
- interdisciplinarni program Upravna informatika (s Fakulteto za upravo)
Vsi programi trajajo tri leta.
Drugostopenjski program Računalništva in informatike je še v pripravi. Poleg njega fakulteta načrtuje tudi interdisciplinarne drugostopenjske programe. Za naslednje leto bo predvidoma razpisan
- program Kognitivne znanosti (s Filozofsko fakulteto, Medicinsko fakulteto, Pedagoško fakulteto in več tujimi univerzami)
Izvajali bomo tudi več tretjestopenjskih, doktorskih študijev
- program Računalništvo in informatika
- program Bioznanosti (z Biotehniško fakulteto, Fakulteto za elektrotehniko in Fakulteto za strojništvo)
- program Humanistika in družboslovje (s Filozofsko fakulteto, Fakulteto za družbene vede in drugimi fakultetami)
Študenti, ki so vpisani v stare programe, lahko dokončajo študij po starih programih. Skladno z zakonom pa moramo študente, ki jih zaradi ponavaljanja ali pavziranja "ujame" prva bolonjska generacija, prepisati v novi, bolonjski študij. Pri tem bomo smiselno priznavali že opravljene izpite.