Po diplomi leta 1996 sem se zaposlil v Laboratoriju za umetno inteligenco, po odcepu Laboratorija za bioinformatiko pa postal član slednjega. Raziskovalno se ukvarjam z različnimi metodami odkrivanja znanja iz podatkov. Moje izhodišče je strojno učenje, v zadnjem času pa me le-te zanimajo predvsem v povezavi s vizualizacijo, ki naj bi pomagala čim jasneje posredovati informacije uporabnikom. Aplikativno se ukvarjam predvsem s problemi s področja medicine in genetike.
Kot programer sodelujem pri razvoju odprtokodnega komponentnega sistema za strojno učenje in odkrivanje zakonitosti v podatkih, Orange, sodeloval pa sem tudi pri snovanju sistema za inteligentno podporo pri odkrivanju genetskih mrež na podlagi podatkov o mutantih Genepath.
Izobrazba
Leta 1990 sem se vpisal na Fakulteto za naravoslovje in tehnologijo, Oddelek za Fiziko, leta 1996 pa končal Fakulteto za računalništvo in informatiko. Na slednji sem začel delati kot mladi raziskovalec in leta 2002 zaključil doktorski študij z disertacijo na temo funkcijske dekompozicije, metode konstruktivne indukcije brez vnaprej podane množice operatorjev.
Projekti
Tekoči projekti
- Umetna inteligenca in inteligentni sistemi, Programska skupina, P2-0209, 2009−2014
- Funkcijska genomika interakcije med krompirjem in PVY, Temeljni oz. aplikativni projekt, J1-4268, 2011−2014
- Uporaba kombinacije tehnike naslednje generacije določevanja nukleotidnih zaporedij in metagenomske analize v diagnostiki pojava hmeljeve zakrnelosti, Temeljni oz. aplikativni projekt, J4-4153, 2011−2014
- Vrednotenje živčno-mišičnih stabilizacijskih funkcij trupa in razvoj programov preventivne vadbe proti bolečini v spodnjem delu hrbta, Temeljni oz. aplikativni projekt, 2011−2014
- Analitična orodja nove generacije za integrirano analizo podatkov v sodobni genomiki, Bilateralni projekt, BI-US/11-12-020, 2011−2012
Zaključeni projekti
- Kvalitativno modeliranje na osnovi podatkov, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-2194 (B), 2009−2012
- Metode za povezovanje podatkov in znanja v sistemski biologiji mrež, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-2197, 2009−2012
- Tehnologije znanj za odkrivanje novih zdravilnih učinkovin: analiza in načrtovanje eksperimentov v visoko zmogljivostni genetiki, Temeljni oz. aplikativni projekt, L2-1112, 2008−2010
- Računska fenomika, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-9699, 2007−2009
- Določanje optimalne velikosti obuval za potrebe nakupovanje prek spleta, Tržni projekt, 2009−2009
Izbrane objave
- Štajdohar M, Mramor M, Zupan B, Demsar J. FragViz: visualization of fragmented networks, BMC Bioinformatics, vol 11, 2010.
- Demšar, J. Algorithms for subsetting attribute values with Relief. Machine Learning, vol. 78(3), 421-429, 2010.
- Toplak M, Curk T, Demšar J, Zupan B. Does replication groups scoring reduce false positive rate in SNP interaction discovery? BMC Genomics, vol 11, 1-6, 2010.
- Demšar, J. Statistical comparisons of classifiers over multiple data sets. Journal of Machine Learning Research. vol. 7, 1-30, 2006.
- Van Driessche N, Demsar J, Booth EO, Hill P, Juvan P, Zupan B, Kuspa A and Shaulsky G. Epistasis analysis with global transcriptional phenotypes. Nature Genetics 37(5): 471-477, 2005.
- Juvan P, Demsar J, Shaulsky G, Zupan B. GenePath: From Mutations to Genetic Networks and Back. Nucleic Acids Research 33: W749-W752, 2005.
- Zupan B, Demsar J, Bratko I, Juvan P, Halter JA, Kuspa A, Shaulsky G: GenePath: a system for automated construction of genetic networks from mutant data, Bioinformatics 19(3): 383-389, 2003.
Podiplomski študenti
Miha Štajdohar, Matija Polajnar, Rok Kršmanc, Mitja Trampuš
