Računska fenomika

Naročnik (šifra): Slovene Research Agency (J2-9699)
Tip projekta: Temeljni oz. aplikativni projekt
Trajanje projekta: 2007 - 2009

Sodelavci na projektu



Z vzponom sistemske biologije, genetskimi raziskavami v medicini in zadnjimi napredki biotehnologije je postala biomedicina znanstvena disciplina, ki vedno bolj temelji na računskih orodjih za iskanje znanja iz eksperimentalnih podatkov. Ker se raziskovalna paradigma ne osredotoča več na posamezne gene temveč na raziskovanje celotnega genoma hkrati, trenutno ključni pristopov v eksperimentalni biologiji temljijo na opazovanju fenotipov večjih razsežnosti. Standardni morfološki fenotipi za sistemske študije namreč ne zadoščajo več. Nove tehnike eksperimentalne biologije, razvite v preteklih letih, omogočajo opazovanje stanja organizma s pomočjo merjenja izrazov vseh genov, po potrebi tudi za več tisoč poskusnih pogojev sočasno. Glavna pridobitev takšnih fenotipov je v količini potencialne informacije, ki jo vsebujejo. Namesto študija omejenega števila učinkov zdravljenja ali opazovanja napredovanja bolezni s pomočjo določenega indikatorja posredujejo genski fenotipi veliko bogatejšo, sistem­sko informacijo. Glede na to, da je tehnologija za pridobivanje takšnih fenotipov že razvita, je očitni naslednji korak razvoj računskih orodij za njihovo obdelavo. Prav to je naloga predla­ga­nega projekta, v okviru katerega načrtujemo razvoj računskih postopkov, ki uporabljajo takšne fenotipe za analizo aktivnih komponent kemijskih učinkovin, funkcijsko genomiko in odkrivanje mehanizmov regulacije transkripcije.

Čeprav bo projekt delal predvsem s podatki pridobljenimi na modelnih organizmih, bo osnovni cilj razvoj orodij za raziskavo in načrtovanje zdravil, iskanje primernih tarč za zdravila ter uporaba genskih fenotipov v medicinski diagnostiki in prognostiki. Rezultat projekta bodo nove računske metode, njihova implementacija v odprtokodnem sistemu za odkrivanje zakonitosti iz podatkov ter uporabnih raziskavah iz analize strukture in delovanja zdravil, funkcijske genomike, analize genetskih poti in genskih zaporedij.