as. Martin Stražar uni. dipl. ing.

Sem doktorski študent tretjega letnika doktorskega študija FRI in raziskovalec v Laboratoriju za bioinformatiko. Raziskovalno delujem na področjih strojnega učenja, bioinformatike in računske biologije. Natančneje, zanimajo me učenje iz več podatkovnih virov, jedrne metode (ang. kernel methods) in matrična faktorizacija, pri čemer se osredotočam na računsko zahtevnost in razumljivost modelov.  Slednje igra bistveno vlogo pri problemih z velikimi podatkovnimi zbirkami, kot so interakcije med proteini in RNA ali modeliranje regulatornih genskih omrežij.

Učim pri predmetih Uvod v Bioinformatiko, Algoritmi in podatkovne strukture, Podatkovno rudarjenje in Osnove programiranja. Pri učenju poskušam študente navdušiti k čim bolj splošnemu razmišljanju in podajam snov na temeljih logike, verjetnostne teorije in linearne algebre.



Šifra izvajalca: 37827

Aktivnosti in dogodki

Sem del ekipe razvijalcev Orange Data Mining.

 

Zaključeni projekti

AXLE - Advanced Analytics for Extremely Large European Databases, Evropski projekt iz okvirnega programa Evropske komisije, 318633, 2012−2015 

CARE-MI - Cardio repair european multidisciplinary initiative, European Project (Framework Programmes), 242038, 2010−2015 

 

Izbrane objave

Stražar M., Curk T. (2016), Learning the kernel matrix via predictive low-rank approximations, arXiv preprint arXiv:1601.04366.

Stražar M., Ule J., Žitnik M, Zupan B., Curk T. (2016), Orthogonal matrix factorization enables integrative analysis of multiple RNA binding proteins, Bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformatics/btw003. 

Kavšček, M., Stražar, M., Curk, T., Natter, K.,  Petrovič, U. (2015). Yeast as a cell factory: current state and perspectives. Microbial cell factories, 14(1), 1. 

Stražar, M., Mraz, M., Zimic, N.,  Moškon, M. (2014). An adaptive genetic algorithm for parameter estimation of biological oscillator models to achieve target quantitative system response. Natural Computing, 13(1), 119-127. 

Lebar, T., Bezeljak, U., Golob, A., Jerala, M., Kadunc, L., Pirš, B., Stražar M., ...  Jerala, R. (2014). A bistable genetic switch based on designable DNA-binding domains. Nature communications, 5.

Moškon, M., Zimic, N., Stražar, M.,  Mraz, M. (2013). Comparison of selected performances of biological and electronic information processing structures.  Przegląd Elektrotechniczny, 89. 

 

Prispevki na konferenci

Stražar M., Žitnik M., Zupan B., Ule J., Curk T., Orthogonal nonnegative factorization-based analysis of nineteen protein-RNA interaction CLIP data sets. Poster presentation. 12. 7. 2015, 23rd annual International Conference on Intelligent Systems for Molecuar Biology. European conference on Computational Biology. Dublin, Irska.   

Stražar M.,. Integrative analysis of nineteen protein-RNA-interaction CLIP data sets using orthogonal matrix factorization (2015). 10. 7. 2015. Integrative RNA Biology Special Interest Group Meeting. 23rd annual International Conference on Intelligent Systems for Molecuar Biology. European conference on Computational Biology. Dublin, Irska.  

Curk, T., Stražar M., Zupan B., Ule J., Detekcija interakcij protein-RNA z metodo iCLIP (2015). Proteinske pore, sekvenciranje in bioinformatika : mini simpozij 2015, 5. 11. 2015 Ljubljana.  Ljubljana: Laboratorij za molekularno biologijo in nanobiotehnologijo, Kemijski inštitut, 2015, str. 23, ilustr.  

Stražar M., Ule J., Žitnik M, Zupan B., Curk T. (2014). Integrative genome-wide analysis of protein-RNA interactions. Poster presentation. 9th Symposium of Centre for Functional Genomics and Bio-Chips, Ljubljana, Slovenija 

Lebar, T., Bezeljak, U., Golob, A., Jerala, M., Kadunc, L., Pirš, B., Stražar M., ...  Jerala, R. (2013). Positive feedback loop switch in mammalian cells based on noncooperative designed DNA binding domains. V: The 6th International Meeting on Synthetic Biology, 9. 11. 2013, Imperial College, London, UK.  BioBricks Foundation SB6.0.  

Lebar, T., Bezeljak, U., Golob, A., Jerala, M., Kadunc, L., Pirš, B., Stražar M., ...  Jerala, R. (2013).  Positive feedback loop switch in mammalian cells based on noncooperative designed DNA binding domains. V: 10th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation, Ljubljana, Slovenija, 15-18. 9. 2013. Book of abstracts. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society 

 

Izpis celotne bibliografije

 


Projekti

Zaključeni projekti


Martin Stražar

as. uni. dipl. ing. Martin Stražar

T: +386 1 479 8209