Na FRI izvajam vaje na univerzitetnem in visokošolkem študiju. Raziskovalno se ukvarjam predvsem z bioinformatiko, kjer je uporaba metod strojnega učenja ključna za uspešno obvladovanje in odkrivanje znanj iz obsežnih bioloških zbirk podatkov.
Govorilne ure:
Sreda ob 10h, soba DK1-3.
Predmeti:
Laboratorij:
Projekti
Tekoči projekti
- AXLE - Advanced Analytics for Extremely Large European Databases, Evropski projekt iz okvirnega programa Evropske komisije, 318633, 2012−2015
- CARE-MI, Evropski projekt iz okvirnega programa Evropske komisije, 242038, 2010−2015
- Umetna inteligenca in inteligentni sistemi, Programska skupina, P2-0209, 2009−2014
- Kompromisi obrambe in razvoja v večtrofični interakciji med krompirjem in dvema glavnima škodljivcema, Temeljni oz. aplikativni projekt, J4-4165, 2011−2014
- Funkcijska genomika interakcije med krompirjem in PVY, Temeljni oz. aplikativni projekt, J1-4268, 2011−2014
- Funkcijska genomika ravnovesja holesterola: vloga lanosterol 14alfa-demetilaze (CYP51) pri razvoju metaboličnih obolenj, Temeljni oz. aplikativni projekt, J7-4053, 2011−2014
- Uporaba kombinacije tehnike naslednje generacije določevanja nukleotidnih zaporedij in metagenomske analize v diagnostiki pojava hmeljeve zakrnelosti, Temeljni oz. aplikativni projekt, J4-4153, 2011−2014
- CLIP, Mednarodni projekt, ERC (2010) A/203738, 2010−2013
Zaključeni projekti
- Analitična orodja nove generacije za integrirano analizo podatkov v sodobni genomiki, Bilateralni projekt, BI-US/11-12-020, 2011−2012
- Modeliranje transkriptoma, Temeljni oz. aplikativni projekt, Z7-3665, 2010−2012
- Metode za povezovanje podatkov in znanja v sistemski biologiji mrež, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-2197, 2009−2012
- Tehnologije znanj za odkrivanje novih zdravilnih učinkovin: analiza in načrtovanje eksperimentov v visoko zmogljivostni genetiki, Temeljni oz. aplikativni projekt, L2-1112, 2008−2010
- Računska fenomika, Temeljni oz. aplikativni projekt, J2-9699, 2007−2009
Izbrane objave
- Characterizing the RNA targets and position-dependent splicing regulation by TDP-43, Tollervey JR, Curk T, Rogelj B, Briese M, Cereda M, Kayikci M, Konig J, Hortobágyi T, Nishimura AL, Zupunski V, Patani R, Chandran S, Rot G, Zupan B, Shaw CE, Ule J. Nature Neuroscience, 14(4):452-458, 2011.
- iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution, Konig J, Zarnack K, Rot G, Curk T, Kayikci M, Zupan B, Turner DJ, Luscombe NM, Ule J. Journal of Visualized Experiments, 50:2638, 2011.
- SNPsyn: detection and exploration of SNP-SNP interactions, Curk T, Rot G, Zupan B. Nucleic Acids Res, 39 (Suppl 2). W444-9, 2011.
- miR669a and miR669q prevent skeletal muscle differentiation in postnatal cardiac progenitors, Crippa S, Cassano M, Messina G, Galli D, Galvez BG, Curk T, Altomare C, Ronzoni F, Toelen J, Gijsbers R, Debyser Z, Janssens S, Zupan B, Zaza A, Cossu G, Sampaolesi M. J Cell Biol, 193:1197-1212, 2011.
- iCLIP predicts the dual splicing effects of TIA-RNA interactions, Wang Z, Kayikci M, Briese M, Zarnack K, Luscombe NM, Rot G, Zupan B, Curk T, Ule J. PLoS Biology, 8 (10). e1000530, 2010.
- Inference of the Molecular Mechanism of Action from Genetic Interaction and Gene Expression Data, Mattiazzi M, Curk T, Krizaj I, Zupan B, Petrovic U. OMICS A journal of Integrative Biology, 14(4):357-367, 2010.
