CLIP

Naročnik (šifra): ERC - European Research Council (ERC (2010) A/203738)
Tip projekta: Mednarodni projekt
Trajanje projekta: 2010 - 2013


Pomembnejši cilj moderne nevrobiologije je razumevanje mehanizmov uravnavanja delovanja sinapse v odzivu na dražljaje. Spajanja pre-mRNA in uravnavanje translacije v odzivu na dražljaje sta dva primera, kjer je naše razumevanje še posebej pomanjkljivo. V projektu preučujemo proteine, ki se vežejo na RNA (ang. RNA-binding proteins, RBP) in tako uravnavajo omenjene post-transkripcijske dogodke. Pri tem se poslužujemo metode CLIP, ki temelji na povezovanju z UV (ang. UV crosslinking) in na visokozmogljivem sekvenciranju (ang. high-throughput sequencing). Z računsko analizo odčitkov sekvenciranja (ang. sequencing reads) ugotavljamo zaporedje in strukturne lastnosti motivov RNA, ki jih prepozna in se nanje veže posamezen protein.

Podatke iz mikromrež o spajanju eksonov uporabljamo za boljše razumevanje uravnalnih funkcij RNA-vezavnih proteinov in določanje motivov RNA. Z vključevanjem  podatkov iz biokemičnih baz in baz o funkciji genov pa opisujemo kako položaj motivov v RNA vpliva na delovanje vezanih proteinov ter tako tudi napovedujemo glavne interakcije protein-RNA in gene v uravnalni mreži. Fiziološko vlogo glavnih RNA-vezavnih proteinov bomo preverili z uporabo protismernih RNA (ang. antisense RNAs).

Cilj projekta je pridobiti nov vpogled v mehanizme genske regulacije pri nevroloških boleznih ter tako odkriti nove možnosti za zdravljenje nevrodegenerativnih bolezni. FRI nudi popolno bioinformatično podporo in razvija metode in računska orodja za analizo rezultatov visokozmogljivega sekvenciranja podatkov CLIP ter iz njih izvedenih analiz potrebnih za razumevanje mehanizmov vezave proteinov na RNA in uravnave transkripcije in translacije.
 

Več o projektu si lahko preberete na spletnih straneh ERC (European Research Council) ter na strani laboratorija molekularne biologije na MRC (Medical Research Council).