Naslov magistrskega dela: Predstavitev in primerjava genomov z uporabo vložitev

Povzetek: Razvoj sodobnih metod in orodij za sekvenciranje DNA je privedel do velikih količin genomskih podatkov. Označevanje lokacij genov in kodirajočih regij v genomih novih organizmov je zamudno, zato smo v svojem delu zasnovali cevovod, ki zaporedja DNA organizmov pretvori v informativne vložitve. Za učenje uporabnih informacij za opis podatkov smo uporabili obliko nevronskih mrež, imenovano samokodirnik. Naučili smo modele z različnimi vrednostmi parametrov in kombinacijami slojev ter ovrednotili njihovo zmogljivost. Samokodirniki genome preslikajo v oblake točk v latentnem prostoru. Implementirali smo različne metode za predstavitev oblaka točk v zgoščeni obliki. Z uporabo vložitev neoznačenih zaporedij DNA smo pokazali, da te zajamejo uporabne opise za napovedovanja taksonomne kategorije organizmov. Vložitve smo tudi vizualizirali z namenom intuitivnega razumevanja in primerjave genomov.

Mentor: izr. prof. dr. Tomaž Curk

Somentor: Kern, Roman; Ass.Prof. Dipl.-Ing. Dr.techn.

Komisija za zagovor:​

prof. dr. Marko Robnik Šikonja, predsednik

izr. prof. dr. Polona Oblak, članica

izr. prof. dr. Žiga Virk, član

Kern, Roman; Ass.Prof. Dipl.-Ing. Dr.techn.

Povezava do video kanala, po katerem se bo prenašal zagovor in ga bo možno spremljati, bo dodana najkasneje na dan zagovora (predvidoma 30 minut pred terminom izvedbe zagovora) na spletni strani: https://ucilnica.fri.uni-lj.si/course/view.php?id=35