• Razvoj odprtokodneprogramske opreme za multivariantno analizo podatkov FTIR
Naročnik: Javna agencija za raziskovalno dejavnost RS
Tip projekta: Bilaterarni projekti
Trajanje projekta: 2017 - 2018
  • Opis

Infrardeča spektroskopija s Fourierovo transformacijo (Fourier Transform Infrared Spectroscopy, FTIR) je tehnika zbiranja absorbcijskih ali emisijskih spektrov opazovanih vzorcev. Posebej uporabna je za mikroskopijo, saj omogoča opazovanje spektrov izmerjenih na zelo majhnih regijah (tudi do 5 mikronov), s čimer lahko opazujemo kemično sestavo vzorcev z veliko prostorsko ločljivostjo. Uporaba te tehnike je raznolika, od analize tkiv (npr. opazovanje posledic kapi v možganih podgan), forenziki, farmaciji, kontroli kvalitete, znanosti o materialih in na številnih drugih področjih. Obstoječa programska oprema za analizo podatkov pridobljenih s FTIR je omejena. Cytospec (www.cytospec.com) je primeren za spektralno analizo slik, njegova uporaba na drugačnih podatkih, primernih za obdelavo s temi metodami, pa je možna le z uporabo zahtevnejših trikov. Primeri takšnih podatkov so meritve časovnih vrst in podatki z neprostorskimi korelacijami (npr. večje število posamičnih celic, pri katerih nas zanimajo spremembe spektra, pozicija celic pa ni znana). Za razliko od Cytospeca je Unscrambler pogosto uporabljan kot orodje za statistično analizo s številnimi prikladnimi in robustnimi funkcijami, ni pa primeren za spektroskopske slike. Programska oprema, ki jo prilagajo proizvajalci spektrometrov, običajno zahteva specifične oblike datotek; funkcije in učinkovitost delovanja teh programov pogosto nista zadostna, saj so večinoma namenjeni le zajemu in osnovni obdelavi meritev. Dodatna omejitev te programske opreme je njihova visoka cena. V sklopu sodelovanja razvijamo programsko opremo, ki bo združevala lastnosti pogosto uporabljene opreme, poleg tega pa bo na voljo za brezplačno uporabo. Rezultate projekta bodo lahko izkoriščale številne raziskovalne skupine in podjetja. Osnovni uporabniki so sinhrotronski pospeševalniki z IR žarki in njihove neposredne stranke: Diamond (VB), Soleil (Francija), ALBA (Španija), BESSY II (Nemčija), ELETTRA (Italija), ANKA (Nemčija), Daphne (Italija), ESRF (Francija), MLS (Nemčija). Vsako od teh ustanov letno obišče 20-50 skupin, torej je potencialnih uporabnikov stotine. Drugi krog uporabnikov so drugi raziskovalci, ki uporabljajo FTIR, vendar kot vir svetlobe ne uporabljajo pospeševalnikov, saj programska oprema ne bo specializirana za posamezen svetlobni izvor; takšnih potencialnih uporabnikov je v Evropi tisoče. Končno, z omogočanjem branja podatkov v drugih oblikah bo razvita programska oprema uporabna tudi v spektroskopiji z bližnjo infrardečo (near infrared) svetlobo, Ramanov spektromikroskopiji ipd. Projekt temelji na obstoječi odprtokodni platformi Orange, ki jo razvija Laboratorij za bioinformatiko Fakultete za računalništvo in informatiko Univerze v Ljubljani. Njegov uporabniški vmesnik, s katerim uporabnik sestavlja pretok podatkov, je intuitiven in se ga je lahko naučiti, obenem pa bo omogočal sestavljanje specializiranih komponent, razvitih v okviru projekta, z obstoječimi splošnimi komponentam za procesiranje podatkov, vizualizacijo in podatkovno rudarjenje. Skupini sta komplementarni in pokrivata različna področja. Slovenski partner ima dve desetletji izkušenj z razvojem podobne programske opreme za podatkovno rudarjenje, francoski partner pa je uporabnik te programske opreme z veliko izkušnjami z metodami, ki jih mora takšna oprema vsebovati. Okvirni načrt izvedbe - Funkcije za branje in zapis podatkov posamičnih spektrov in slik za OPUS, OMNIC, Txt in ENVI (maj 2016) - Izris spektrov in slik (julij 2016) - Izbor vrhov v spektrih ter točk in regij na slikah (julij 2016) - Algoritmi za korekcijo izmerjenih spektrov in osnovno manipulacijo s spektri (normalizarcija, odvajanje, glajenje) (oktober 2016) - Napredni algoritmi za manipulacijo (umerjenje vrhov, dekonvolucija, Mie, odstranjevanje vode) (januar 2017) - Adaptacija in programiranje orodij za multivariatno analizo (HCA, PCA, PCA-LDA, PLS) (april 2017) - Optimizacija za velike količine podatkov (september 2017) - Pospeševanje algoritmov z vzporednim računanjem (december 2017) - Prirejanje razvite aplikacije za druge metode spektroskopije (januar 2018) - Razvoj funkcij za spektroskopsko tomografijo (maj 2018) - Odpravljanje napak in vzpostavitev dolgoročne podpore (september 2018)