Naslov magistrskega dela: Vložitev genomov na podlagi nabora aminokislinskih zaporedij proteinov

Povzetek:

Bakteriofagi so tip virusov, ki napadajo bakterijske celice, pri čemer je uspešnost okužbe odvisna od značilnosti proteinov tako bakteriofaga kot njegovega gostitelja. V magistrskem delu obravnavamo problem vložitve genomov parov bak\-te\-rija-bakteriofag, z namenom napovedovanja interakcije med bakterijo in bakteriofagom, to je, ali bakteriofag vstopi v bakterijo in vpliva na njene celične procese. Ker so genomi zelo različnih dolžin, par genomov bakterija-bakteriofag v interakciji predstavimo z reprezentativnimi pari proteinov, ki so udeleženi v interakciji. Glavno orodje, ki ga pri tem uporabljamo, so proteinski jezikovni modeli, ki so iz aminokislinskega zaporedja proteina sposobni napovedati njegove značilnosti. Vložitev tako dobljenih parov lahko uporabljamo za napovedovanje, ali dana vrsta bakterije in bakteriofaga vstopata v interakcijo ali ne. Najboljši model doseže ROC AUC 0,709. Za izboljšanje uspešnosti modela bi potrebovali več učnih podatkov. 

Mentor: izr. prof. dr. Tomaž Curk

Komisija za zagovor:

izr. prof. dr. Andrej Brodnik (predsednik),

doc. dr. Ciril Bohak (član),

doc. dr. Tomaž Hočevar (član).

Prostor: Diplomska soba