Rok Rupnik je zaposlen kot docent na Fakulteti za računalništvo in informatiko v Ljubljani, kjer je leta 1998 magistriral in leta 2002 doktoriral. Njegovo raziskovalno področje obsega obvladovanje informatike, vodenje projektov stratško planiranje informacijskih sistemov in digitalizacija. Od leta 2009 ime certifikat PMP (Project Management Professional), ki ga izdaja PMI (Project Management Institute) in je nauglednejši mednarodni certifikat za vodenje projektov.
V letih 2014-2016 je vodil EU projekt AgroIT, ki je pokrival področje uvajanja digitaliacije v kmetijstvo. Proračun projekta je bil 5 MIO €, v konzorciju je bilo 9 partnerjev iz 6 držav. Projekt je po zaključku dobil odlično oceno in bil s strani evropske komisije izbran za strateško pomemben projekt.
V svoji karieri je sodeloval pri več razvojnih projektih informacijskih sistemov, na večini od njih v vlogi koordinatorja in vodje razvoja. Z vidno vlogo ali vlogo vodje oz. koordinatorja projekta pa je sodeloval tudi na različnih ostalih projektih širšega področja informacijskih sistemov: izdelave strateških planov razvoja informatike za večje poslovne sisteme, izdelava strateških študij, raziskovalni projekti, itd. Med drugim je tudi soavtor in urednik Enotne metodologije razvoja informacijskih sistemov. Je član Slovenskega društva informatika, IEEE, ACM, združenja AIS (Association for Information Systems), ISACA in ustanovitveni član slovenske sekcije PMI (Project Management Institute).